Формула ДНК первой хромосомы человека

Формула ДНК первой хромосомы человека

Сообщение chemister-admin » Вт окт 11, 2016 3:35 pm

Решил вычислить брутто-формулу ДНК первой хромосомы человека. Но у меня не хватает компьютерных ресурсов (компьютер зависает при работе с текстовыми файлами объемом 250 Мб). Если кто хочет помочь процессу - присоединяйтесь.

По данным английской вики ДНК имеет 249 250 621 пар оснований.
Наибольшую последовательность которую мне удалось найти: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_018912.2 (250 522 664 пар оснований), можно открыть по ссылке FASTA.
chemister-admin
 
Сообщения: 1671
Зарегистрирован: Вт окт 15, 2013 7:58 am

Re: Формула ДНК первой хромосомы человека

Сообщение xixinik » Вс дек 04, 2016 9:32 am

А почему именно первой а не второй к примеру ?

И кстати где можно скачать ВСЮ последовательность ДНК человека ?
Там около 3 млрд нуклеотидов вроде ?
xixinik
 
Сообщения: 280
Зарегистрирован: Пн дек 28, 2015 9:30 am

Re: Формула ДНК первой хромосомы человека

Сообщение chemister-admin » Пн дек 05, 2016 4:56 pm

ДНК первой хромосомы человека - самая длинная из ДНК. У всех остальных хромосом ДНК короче.
Число последовательностей и сами последовательности можно найти по тем двум ссылкам, которые я дал в первом сообщении. Учтите, что 3 млрд букв - это около 3 Гб информации.
Я пытался вычислить брутто-формулу ДНК первой хромосомы, но мне не хватило ресурсов моего компьютера для расчета.
chemister-admin
 
Сообщения: 1671
Зарегистрирован: Вт окт 15, 2013 7:58 am

Re: Формула ДНК первой хромосомы человека

Сообщение xixinik » Пт дек 16, 2016 8:56 am

Число последовательностей и сами последовательности можно найти по тем двум ссылкам, которые я дал в первом сообщении


Где конкретно ? Заходил по ссылке так нифига и не понял ... можно ликбеза как там скачивать ?
xixinik
 
Сообщения: 280
Зарегистрирован: Пн дек 28, 2015 9:30 am

Re: Формула ДНК первой хромосомы человека

Сообщение chemister-admin » Пт дек 16, 2016 2:26 pm

Открываем ссылку: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_018912.2 . Сразу под названием есть две ссылки: FASTA и Graphics. Если нажать на ссылку FASTA, то последовательность начинает грузиться в браузер (больше 250 Мб!). Начало последовательности состоит из букв N - как я понял, так обозначен нуклеопротеид.

На странице ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/H_sapiens/CHR_01/ можно скачать gz-архив последовательности. Я качал fa.gz, так как fa-файлы - это слегка форматированный текст, который можно открыть WordPad'ом и преобразовать в обычный текст.

Детальная инструкция по сайту генома на английском: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/doc/ftpfaq/ .
chemister-admin
 
Сообщения: 1671
Зарегистрирован: Вт окт 15, 2013 7:58 am

Re: Формула ДНК первой хромосомы человека

Сообщение xixinik » Сб дек 17, 2016 12:16 am

Спасибо ... будем разбираться !
xixinik
 
Сообщения: 280
Зарегистрирован: Пн дек 28, 2015 9:30 am

Re: Формула ДНК первой хромосомы человека

Сообщение chemister-admin » Ср июн 28, 2017 9:46 am

Решил сделать условный расчет формулы:
АМФ C10H14N5O7P дезокси C10H14N5O6P без воды C10H12N5O5P
ГМФ C10H14N5O8P дезокси C10H14N5O7P без воды C10H12N5O6P
ЦМФ C9H14N3O8P дезокси C9H14N3O7P без воды C9H12N3O6P
ТМФ дезокси C10H15N2O8P без воды C10H13N2O7P
62 312 655 повторений (+1) если равные отношения и 249 250 621 пар оснований.
По А = C 623 126 550 H 747 751 860 N 311 563 275 O 311 563 275 P 62 312 655
По Г = C 623 126 550 H 747 751 860 N 311 563 275 O 373 875 930 P 62 312 655
По Ц = С 560 813 895 H 747 751 860 N 186 937 965 O 373 875 930 P 62 312 655
По Т = C 623 126 550 H 810 064 515 N 124 625 310 O 436 188 585 P 62 312 655
И добавим 1 Т = C 10 H 13 N 2 O 7 P + H2O

Итого, расчетная условная формула одноцепочной первой хромосомы человека:
C 2 430 193 555 H 3 053 320 110 N 934 689 827 O 1 495 503 728 P 249 250 621
chemister-admin
 
Сообщения: 1671
Зарегистрирован: Вт окт 15, 2013 7:58 am

Re: Формула ДНК первой хромосомы человека

Сообщение xixinik » Вс авг 19, 2018 7:38 am

А где можно найти РНК ВИЧ ?

Оно ?

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/EU541617.1
xixinik
 
Сообщения: 280
Зарегистрирован: Пн дек 28, 2015 9:30 am

Re: Формула ДНК первой хромосомы человека

Сообщение chemister-admin » Вс авг 19, 2018 1:40 pm

Судя по данным о длине генома из википедии - да, это нужный геном. Конкретно это штамм вируса pIIIB из США.
chemister-admin
 
Сообщения: 1671
Зарегистрирован: Вт окт 15, 2013 7:58 am

Re: Формула ДНК первой хромосомы человека

Сообщение chemister-admin » Ср окт 31, 2018 11:17 am

Сообщение в Nature о полной расшифровке 1 хромосомы человека: https://www.nature.com/articles/nature04727 .

Текущее состояние расшифровки последовательности хромосомы 1 (249 698 942 пары оснований): https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nucleotide/NC_000001.11 . Не расшифрованы еще 742 520 пар.
Общий список всех хромосом человека: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/grc/human/data .
chemister-admin
 
Сообщения: 1671
Зарегистрирован: Вт окт 15, 2013 7:58 am


Вернуться в Органическая химия

Кто сейчас на конференции

Сейчас этот форум просматривают: нет зарегистрированных пользователей и гости: 5

cron